Cole MacGrath, protagonistul primului joc, se intoarce, de data aceasta actiunea urmand sa aibe loc intr-un oras nou, denumit New Marais. Chiar daca dezvoltatorii au utilizat acest nume, New Marais este de fapt o varianta New Orleans-ului din zilele noastre.
MacGrath se va deplasa catre New Marais alaturi de prietenul sau, Zeke, urmand sa dea piept cu Militia si the Beast. Prima grupare este condusa de Bertrand, acesta avand ca scop sa tina toti super-eroii departe de oras.