Actiunea are loc din nou pe Marte, planeta colonizata de omenire. Au trecut 50 de ani de la evenimentele petrecute in Red Faction: Guerilla, iar suprafata planetei a devenit de nelocuit. Un terraformer, responsabil cu crearea conditiilor de viata asemanatoare celor terestre, a fost distrus transformand mediul martian in haos total, cu tornade si furtuni devastatoare ce ravasesc intreaga planeta. Pentru a supravietui, localnicii martieni se adapostesc sub pamant.